Nu se pot face aprecieri nici măcar aproximative asupra datei întemeierii satului Hăneşti, întrucât documentele nu acordă niciun sprijin în favoarea unor afirmaţii categorice. Totuşi, se poate spune fără teama de a greşi, că pe aceste locuri a existat aşezare umană din vremuri îndepărtate; în sprijinul acestei afirmaţii vin descoperirile materiale, aduse la lumina zilei în ultimele decenii prin săpăturile arheologice organizate sau ocazionale.
Astfel, dovezile scoase la iveală de renumiţii arheologi Filaret Aprotosoaie, Emilia şi Neculai Zaharia, dovedesc existenţa unei aşezări, pe aceste meleaguri, cu foarte mult timp în urmă.
Prima menţiune documentară a satului cu nume Hăneşti este relativ târzie. Într-un Uric dat la Huşi, la 11 aprilie 1456, de Petru Rareş se poate citi: „Iar domnia mea i-am dat în schimb pentru această jumătate din Petricani un sat tot pe Başeu, anume Hăneşti care acest sat a fost al nostru domnesc…”. După 1546, satul Hăneşti a avut caracter boieresc, moşia fiind în stăpânirea unui boier, dar înaintând în timp, o parte a moşiei a ajuns în stăpânirea unor copârtaşi (răzeşi). Este posibil ca ascendenţa acestora să-şi fi păstrat ocina în afara moşiei boierului.
La 5 iulie 1601 „Nastasia, cneaghina lui Procop Caraiman, fost dvodnic, scriem şi mărturisim că această scrisoare a nostră cum au fost cumpărat giupăru – mie (u) o ocină în satul Hăneşti dintr-a patra parte jumătate partea Titienii şi a fetelor ei, câtă se va alege drept 120 galben (i).” Apoi, la 10 august 1617, „Gheanghea, mare logofăt, întăreşte lui Petrea, fiul lui Tomşea, jumătate din a patra parte din Hăneşti, partea din jos cu partea din vadul de moară şi din iaz ce este pe Başeu, vândut de Drăguţa Gândăcioaie şi rudele sale pentru 76 ughi.”
În a doua jumătate a secolului al XVIII-lea moşia Hăneşti era proprietatea lui Mihail Sturza, apoi, conform principiului moştenirii, moşia trece în stăpânirea fiului acestuia Alexandru Sturza, care o va deţine până la căsătoria fiicei sale cu cneazul Mihail Obolinschi.
„În 1836 Sturza fu esilat din Iaşi. Proprietarii cari au urmat după Sturza sunt: Gh. Medelniceriu, M. Goian Prunculeşti, Gh. Hasnaş, Gh. Goilov şi Pilatteştii.” Ulterior moşia este cumpărată de către Nicu V. Pilat, moştenită de fiul acestuia Gh. Pilat şi arendată în 1899 francezului G. Meillson. După moartea lui Gh. Pilat, survenită în 1922, fiica sa căsătorită cu George Petcu, vinde moşia lui Max Iosipovici, care o va stăpâni până la expropierea din 1946.
În ceea ce priveşte denumirea de Hăneşti există mai multe ipoteze:
- „După căderea lui Aron-Vodă, Irimia Movilă, boier distins fiind, bine văzut de poloni, capătă oaste de la ei şi sub conducerea Hatmanului Zamoischi intră în Moldova şi ocupă tronul. Sultanul nemulţumit că Leşii se amestecă în numirea Domnilor, trimese pe Kazan-Gherei, Hanul-Crîmului, cu Tătari şi Eniceri asupra Polonilor. Ambele oştiri se întâlniră la Ţuţora pe Prut, în judeţul Iaşi, şi după o luptă de 3 zile, Irimia-Movilă temîndu-se de pierdere şi de urgia Porţii, stărui ca să se curme lupta şi să se facă pace, lăsînd Hanului libera alegere a Domnului; şi după mijlocirile ce au întrebuinţat a reuşit ca Hanul să-l aleagă Domn, după care obţine şi de la Poartă confirmarea sa. În recunoştinţa acestui bine ce i s'a făcut, Irimia Movilă, ca Domn al Moldovei, a dat cu act formal în 1595, în personala proprietate a Hanului, şapte sate cu moşii în judeţul Dorohoiu. Satul acesta devenind centrul de aşezare al Hanului se numi Hanescu şi apoi Hăneşti, cum se zice şi acum”. Această ipoteză, se pare că, nu poate fi susţinută deoarece „Satul Hăneşti nu are nimic comun cu „satele hăneşti” cedate de Ieremia Movilă voievod hanului tătărăsc Gherei la 11 octombrie 1595, evenimente relatate în letopiseţe din care un fragment a fost localizat la Hăneşti, chiar dacă satele hăneşti erau între Tighina şi Cetatea Albă, iar satul Hăneşti exista înainte de 1595”.
- „Tradiţia locală explică originea numelui Hăneşti din altă legendă: pe aici trecea marele drum comercial Hotin-Săveni-Ştefăneşti-Iaşi şi între Săveni şi Ştefăneşti, în dreptul actualului sat Hăneşti, în partea stângă a Başeului, din timpuri străvechi era un mare han domnesc pentru popas. De la acest han satul care s-a întemeiat în dreapta Başeului a luat numele Hăneşti. Conţinutul acestei legende nu poate fi probat cu nici un document”.
- Ultima ipoteză, şi totodată cea mai plauzibilă, prezintă numele topic Hăneşti că „s-a format de la numele de persoană Hanu, numele celui dintâi proprietar sau cneaz sau jude al aşezării, după regula consacrată: …forma curentă a documentelor cu privire la identificarea satelor sună: unde a fost cneaz cutare: odată cu sufixul „-eşti”, pentra a indica pe cei care se trag din stăpânul (întemeietorul) satului, alteori cu „-eni” pentru a indica pe cei care s-au stabilit pe locurile ce au fost ale stăpânului satului”.